以果蝇和小鼠为主要研究模型，从事免疫遗传学的开拓性研究，探索重要生物通路和天然免疫之间的网络调控机制，已开发出干细胞示踪、感染、衰老、肥胖、无菌及肠道菌定植等多种相关模型。目前重点关注肠道天然免疫环境稳态的研究，分三个层面：1）信号平衡：挖掘参与天然免疫调节的新基因及其作用网络，寻找器官间免疫信号传导的物质基础；2）细胞平衡：关注免疫应激下，损伤修复过程中肠道干细胞自我更新和分化的动态平衡机制；3）微生态平衡：研究天然免疫-肠道菌群结构稳态-代谢调节之间的微生态平衡。